ATP生物熒光檢測儀的工作原理是基于螢火蟲發光的生物化學反應，具體過程如下：

　　熒光素-熒光素酶反應體系：ATP生物熒光檢測儀利用了熒光素-熒光素酶這一生物發光體系。熒光素是一種在生物體內能發光的物質，而熒光素酶是一種可以催化熒光素發光反應的酶。在有氧條件下，熒光素酶能夠催化熒光素與ATP發生反應。

　　能量轉移與發光：當熒光素與ATP結合后，會發生一系列的化學反應，形成一種激活態的熒光素-酶-底物復合物。在復合物回到基態的過程中，會釋放出能量，這種能量以光子的形式釋放，從而產生熒光。

　　檢測與量化：ATP生物熒光檢測儀內部配備有高靈敏度的光電檢測裝置，如光電倍增管或電荷耦合器件（CCD）。這些裝置能夠捕捉到熒光素發光產生的微弱熒光信號，并將其轉化為電信號進行放大和處理。儀器通過對熒光信號的強度進行測量和分析，進而計算出樣品中ATP的含量。由于ATP是所有活細胞中都含有的一種能量物質，其含量與細胞數量在一定范圍內呈正相關，所以通過檢測ATP含量就可以間接反映出樣品中的微生物數量或生物殘留量。